MÜKAM'ın amacı İslam Dünyası ve Ortadoğu tarihinin en önemli meselelerinden olan Kudüs'ün tarihi, sosyal yapısı ve siyasi durumu hakkında ilmi ve kültürel çalışmalar yapmak, dünya kamuoyu ve İslam âlemini Kudüs sorunu hususunda güncel bilgilerle aydınlatmak ve farkındalık sağlamak, Kudüs üzerine çalışan ilmi kurumlarla merkezin hedefleri doğrultusunda işbirliği yapmak, Kudüs ile alakalı bilimsel doğruları ortaya çıkarmaya ve yayımlamaya yönelik çalışmalar yapmaktır.