MÜKAM'ın misyonu Kudüs hakkında ulusal ve uluslararası düzeyde seminer, çalıştay, panel, sempozyum, konferans ve benzeri etkinlikler düzenlemek, bu kapsamda ulusal ve uluslararası kurum ve kuruluşlarla işbirliği yapmak, projeler geliştirmek ve yürütmek, Kudüs çalışmaları ile ilgili yayınları temin edip, ön lisans, lisans ve lisansüstü öğrencileri ve tüm ilgililer için bir dokümantasyon merkezi oluşturmak, analiz, bülten, dergi gibi yayınlarla ihtisas kitaplığı ve veri tabanı oluşturmak, Üniversite ile Filistin ve diğer Arap ülkelerinin üniversiteleri arasında eğitim ve araştırma alanlarında işbirliğini geliştirmektir.